Esto ya está señores!!!! Os voy a contar lo que he hecho, yo creo que arriesgado, pero que se soluciona copiando el juego a otro directorio, para tener backup y no tener que  reinstalar el juego de nuevo.
Bien, lo que he hecho ha sido lo siguiente: 

 He instalado el juego desde cero y le he puesto la actualización de Microsoft. 

 Luego, he entrado en el juego y he asignado las teclas del incremento de freno de tren, y también lo mismo con el incremento y decremento del freno de locomotora. He probado que funcionen. 

 Tras ello, he copiado TODOS los ficheros que hay en GLOBAL, excepto las carpetas, y los he pegado en una carpeta temporal. 

 Luego, he instalado el parche MSTS-Bin, el estable. 

 A continuación, los archivos que copié de GLOBAL en una carpeta temporal, los he cogido de dicha carpeta, y los he llevado a GLOBAL. 

  Y por último, he entrado en el juego para ver si funciona esta solución y....¡¡SI, POR FIIIIIIIN!!!!
Como véis, esto es una solución que se hace a "pelo" sobre el juego. Para el que tenga el mismo problema que yo, puede ser esta una solución. Quien tenga dudas, puede preguntar sin problemas 

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Ahora, sólo me falta poner los XTRACKS y NewRoads, y poner la carpeta que tengo con los trenes y rutas descargados, por lo que no debería tener problemas ya.
Un saludo, y gracias por vuestra ayuda y apoyo 

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			Línea clausurada.